Erikoisharjat on tarkoitettu helpottamaan hampaiden puhdistusta tilanteissa, joissa puhdistus on jostakin syystä vaikeutunut. Monipuolinen erikoisharjavalikoima löytyy apteekeista ja hyvin varustetuista päivittäistavarakaupoista.

Kiinteiden oikomislaitteiden puhdistamiseen on saatavilla hammasharja, jonka harjasosan keskimmäisen rivin harjakset ovat muita harjaksia lyhyemmät. Lyhyemmät harjakset mahdollistavat hampaiden puhdistumisen myös oikomiskiinnikkeiden kohdalta.

Valikoimista löytyy myös erittäin pehmeillä harjaksilla varustettuja hammasharjoja (super soft). Nämä harjat on tarkoitettu henkilöille, joilla on erityisen herkkä suu tai joille on tehty suun alueen kirurgisia toimenpiteitä.

Hyvin varustetusta liikkeestä löytyy myös ienrajaharja, joka sopii henkilölle, joka toipuu suukirurgisesta toimenpiteestä tai iensairaudesta. Sulcus-ienrajaharjan erikoisuutena on kahdessa rivissä olevat pehmeät harjakset. Näin sillä saadaan puhdistettua tarkasti herkät ienrajat.

Vaikeampien alueiden, kuten kiinteiden oikomiskojeiden, kruunujen, siltojen ja takimmaisten hampaiden puhdistuksessa voidaan käyttää ns. soloharjaa, jossa harjakset ovat vain harjasosan päässä. Soloharja on käyttökelpoinen myös silloin kun hampaisto on ahtautunut, hampaat ovat kallistuneet tai kun taka-alueen hampaat ovat puhkeamassa (kuva ).

Markkinoilla oleva monitasoharja (kuva ) sopii hyvin lasten ja aikuisten hampaiden puhdistukseen. Monitasohammasharjan pehmeät harjakset puhdistavat hampaan kolme pintaa samanaikaisesti. Myös ienrajat puhdistuvat hyvin harjasten erityisen kulman vuoksi. Harja soveltuu hyvin lapsille ja henkilöille, joilla on rajoituksia käden motoriikassa. Harja sopii myös hoitotyöhön toisen henkilön hampaiden puhdistukseen.