Varovaisuusperiaatteen mukaan voidaan tehdä päätöksiä, vaikka tieto haitoista ei ole varma. Sen käytössä on oltava varovainen, koska muutoin painopisteeksi muodostuvat epävarmat riskit ja varmoja riskejä aliarvioidaan.
EU:n hallinnossa on lisääntyvässä määrin puhuttu varovaisuusperiaatteen (precautionary principle) käyttämisestä epävarmuuden vallitessa. Tällä tarkoitetaan sitä, että toimenpiteisiin on joskus tarpeen ryhtyä, vaikka haitasta ei ole täyttä varmuutta. Käsitteen tekee vaikeaksi se, ettei ole yhteistä käsitystä siitä, mitä se tarkoittaa. Sitä on käytetty ennen muuta ympäristöhallinnossa, yksi varhaisimpia kansainvälisiä sovellutuksia oli Pohjanmeren suojelun ajaminen 1980-luvulla.
YK määritteli varovaisuusperiaatteen vuonna 1992 Rion ilmastosopimuksessa oikeutena toimia, vaikka tieteellinen näyttö jostakin ilmiöstä ei vielä ole sitova, jos seuraukset ilmiöstä ovat vakavia tai palautumattomia. Myös EY:n komissio on määritellyt kantansa varovaisuusperiaatteen käyttöön ja todennut, että sitä käytetään nimenomaan riskinhallinnassa tieteellisen arvioinnin jälkeen. Tällä tavoin muotoiltuna periaate ei ole toksikologian kannalta kovin uusi, esim. eläimille syöpää aiheuttavia aineita on hallinnollisesti kohdeltu aina mahdollisina ihmiselle syöpävaarallisina aineina, vaikka näyttöä syöpävaarasta ihmiselle ei olisi ollut.
Ongelmat
Varovaisuusperiaate on tullut viime vuosina ongelmalliseksi kahdesta eri syystä. Etenkin eräät kansalaisjärjestöt tähtäävät käänteiseen todistamistaakkaan, eli että varovaisuusperiaatteen mukaan kaikkea, mitä ei ole todistettu turvalliseksi, pidetään vaarallisena. Tätä on käytetty erityisesti uusien kemikaalien ja uusien tekniikoiden kuten geenitekniikan vastustamiseen. Tällöin siis halutaan unohtaa se, että edellä kuvattu YK:n määritelmä edellyttää tieteellistä näyttöä (tai ainakin perusteltua todennäköisyyttä) vakavasta tai palautumattomasta vahingosta, vaikkakaan ei sitovaa näyttöä.
Halutaan myös unohtaa se, että turvallisuuden osoittaminen, eli kaiken haitan puuttumisen osoittaminen, on loogisesti mahdotonta. Tällöin toimenpiteet tulisivat mielivaltaisiksi: kaikki, minkä joku ottaa erityisesti vastustettavakseen, tulee kielletyksi, koska sitä ei voida sitovasti osoittaa turvalliseksi. Tällöin siirryttäisiin tieteeseen perustuvasta riskinhallinnasta sattumanvaraiseen asenteisiin perustuvaan riskinhallintaan.
Toinen ongelma on käsitys, että varovaisuusperiaatetta voitaisiin käyttää jo riskinarviointivaiheessa. Toisin sanoen riski arvioitaisiin tahallaan suuremmaksi kuin se todennäköisesti on. Se estäisi kuitenkin tietämyksen kertymisen todellisista riskeistä. Tämä johtaisi tietämättömyyden lisääntymiseen ja mielivaltaisiin ratkaisuihin. Siten kestävä varovaisuusperiaatteen käyttö kuuluu vain riskinhallintaan eikä riskinarviointiin. Varovaisuusperiaatteen käytön riskinhallinnassa tulee olla avointa ja läpinäkyvää, niin että päätöksestä käy selvästi ilmi, missä kohti ja miten sitä on käytetty.
Varovaisuusperiaatteen taitamaton soveltaminen johtaa samaan ongelmaan kuin "konservatiivisen riskinarvioinnin" eli riskin maksimoinnin soveltaminen: varmoja ja hyvin osoitettuja riskejä päädytään väheksymään teoreettisiin ja huonosti osoitettuihin riskeihin verrattuna. Tämä ei voi olla yhteiskunnan kannalta mielekästä toimintaa.
